تأسس قسم علوم القران و الكريم و الحديث النبوي الشريف في كلية الفقه في العام الدراسي سنة 2003-2004 .يتولى القسم إعداد البحوث في مجالات علوم القرآن و الحديث النبوي   الشريف والدراسات الأخرى في العلوم الإسلام. يسعى الىتحقيق أهداف الجامعة في صياغة المواطن الصالح المسلح بالعلم و بناء شخصية الطالب على وفق أهداف كلية الفقه في سعيها إلى   تزويد المجتمع بالشخصيات العلمية الدينية ..

تأسس قسم الفقه و أصوله في كلية الفقه في العام الدراسي سنة 2003-2004 . يعد القسم من ضررات الدراسات الشريعة وقد أخذا بمبادرات رائد في معالجة القضايه الفقهية والفكرية المطروحة في ساحة العمل الفقهي المعاصر وهو يواكب كل التطورات  البحثية المستجدة وقد اخذ على عاتقه تفعيل دور النجف الاشرف في دورها الريادي كونها عاصمة للثقافة الإسلامية ..

تأسس قسم اللغة العربية وآدابها في كلية الفقه في العام الدراسي 2008- 2009   . فهو من الأقسام التي تمتاز بخصوصية حضارية ودينية وقومية ، لأنه يدرس لغة العرب، التي هي لغة القران الكريم ، والتراث الأدبي العربي بعصوره كافة ..  واللغة العربية استنادا إلى ذلك هي مادة البناء الحضاري ووسيلة نقله عبر الأجيال .. ولا تخفى مكانة لغتنا  التي كرمها الله تعالى فأنزل القرآن الكريم بها، وضمنه آيات تدل على تكريمها ..

تأسس قسم العقيدة والفكر الإسلامي وآدابها في كلية الفقه في العام الدراسي 2008- 2009 . ويهدف القائمون عليه إلى تقديم خطاب أسلامي متوازن يستند إلى منهج العقل و لا يغفل ما حفل به النقل . موكداً على أن العقيدة الصحيحة هي التي لا تؤخذ عن تقليد و أتباع و أنما عن يقين و أقناع .وهو بذلك يسعى إلى تخريج كوكبة صالحة من الطلبة بهدف إشاعة ثقافة الوسطية في التفكير و نبذ التطرف ..